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    GEXSCOPE®海量单细胞转录组试剂盒

    新格元自主开发的GEXSCOPE®海量单细胞转录组试剂盒可完成从样本处理至测序文库构建全部流程。GEXSCOPE®海量单细胞转录组试剂盒包括组织保存液,组织解离液,微流控微孔芯片,分子标签磁珠,扩增试剂及文库构建试剂。本产品可高效无偏好性地完成反转录、cDNA扩增及文库构建,显著提高测序文库产物得率及同等测序深度下的基因检出率,从而完成对数百至数万个细胞中的mRNA进行测序。

     

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    产品优势

     

    1. 使珍贵样本的单细胞测序成为可能
    1.1 时效性
    单细胞测序实验通常需要收集到新鲜样本后即刻进行,以保证细胞活性和后继RNA扩增的有效性。在特定的应用场景,如临床样本测序或多中心取样的实验,对样本收集到实验时间如此严苛的要求往往难以得到满足。GEXSCOPE®组织保存液通过模拟细胞生理环境以维持细胞活性,在2-8℃下,新鲜组织GEXSCOPE®组织保存液中可保存72小时且仍然保持细胞活性及组织内不同细胞的组成(图1) 。这一创新技术可以使不同应用场景下的单细胞测序实验变的简单可行。组织样本可以在收集获取后于保存液中暂存或寄送至异地实验室进行处理和建库测序。

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    图1:GEXSCOPE®组织保存液可模拟生理条件保持组织样本的细胞活性和组织中不同细胞组分。取新鲜脑组织样本平均分成三份,分别立即处理、在GEXSCOPE®组织保存液中保存24h及72h后,利用GEXSCOPE®单细胞转录组建库试剂盒进行文库构建及测序。左图显示三种样本处理的细胞活性,即总细胞中活细胞的百分比。GEXSCOPE®组织保存液中保存了72h的细胞活性仍然将近90%。右图表示脑组织在新鲜处理、保存24h及72h处理后进行单细胞测序的细胞分群t-SNE图,不同保存时间细胞分群结果一致。


    1.2 高效性
    组织样本单细胞测序的第一步是将组织解离为高活性的单细胞悬液。不同组织的解离往往需要不同的反应条件,在获得高活性单细胞悬液的同时避免细胞成团或多杂质等常见问题。GEXSCOPE®组织解离液包含严格筛选优化的多种酶的组合,配以高效的缓冲液体系,可有效解离各类不同的组织,得到高质量的单细胞悬液。GEXSCOPE®组织解离液已在130多种人源及鼠源组织类型中得到验证,包括各类疑难样本,如脑胶质瘤和骨癌样本等。

    GEXSCOPE®组织解离液操作简单,对细胞活性影响小,同时解离过程中造成的细胞损失少,可用于活检样本的单细胞悬液制备,所得细胞活性及数量符合单细胞测序要求。

     

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    图2:脑胶质瘤样本被平均分成三份,分别采用文献中的试剂,某商业试剂及GEXSCOPE®组织解离液进行解离。结果显示,GEXSCOPE®组织解离液制备的细胞悬液细胞活性最高,细胞杂质少且细胞无成团现象。

     

    2. 高灵敏度

    全面优化的GEXSCOPE®单细胞转录组扩增体系可有效反转录及扩增单个细胞中的RNA,在同等测序深度下可检测出单个细胞中更多的基因(图3),使得单细胞中低表达量的基因测序成为可能。

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    图3:利用GEXSCOPE®海量单细胞转录组试剂盒对人源干细胞样本进行两组重复单细胞测序实验。结果显示在测序深度低于平均每个细胞60K reads的情况下,在两个重复样本中检测到的基因中值即可达到3000个以上。

    3. 重复性强

    所有的技术必须可重复才能保证临床和科研研究数据的可靠性。我们使用4个PDX小鼠的肿瘤样本对GEXSCOPE®海量单细胞转录组试剂盒进行了样本重复性实验。结果显示在4个样本的两次重复实验中不同细胞亚型占比和marker基因表达情况基本一致(图四),证明GEXSCOPE®海量单细胞转录组试剂盒具有高度的可重复性。

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    图4:使用GEXSCOPE®海量单细胞转录组试剂盒对4个来自PDX小鼠的肿瘤样本进行测试,每个样本进行两次重复实验。通过新格元的分析流程对原始数据进行分析,左图为对每个样本中不同的细胞亚型进行注释和占比分布展示。右图表示2个样本中不同细胞亚型中的marker gene表达量基本一致。  

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