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    高密度微流控芯片

    单细胞研究中的细胞数目越多,可捕获细胞类型越多,所研究细胞亚群之间的差异也就越精确。新格元基于自有 GEXSCOPE®平台开发了高密度微流控芯片,单张芯片即可捕获细胞数达30000以上,突破了一般高通量单细胞平台一次捕获10000个细胞的限制。

    利用新格元高密度芯片单细胞测序技术,在保证单细胞数据质量的同时,可有效提高单张芯片细胞捕获通量,获得更为精细准确的细胞聚类分型结果。目前,高密度芯片已经在多种组织类型的应用上得到优质的结果。

     

    获得稀有细胞类型

     

    使用高密度芯片捕获小鼠胚胎细胞,在测序深度为 21.9K reads /cell 时,检测到的细胞总数为 42628,中值基因数为1677 ,累积检测基因数为31917。降维聚类分析,可检测到占比约0.15%的重要细胞类型(本例中的Endoderm cells),检测到的细胞包括内皮细胞,肾脏上皮细胞,T和B免疫细胞,粒细胞巨噬细胞祖,红细胞,胆管细胞,巨核细胞,肝细胞,中性粒细胞,小胶质细胞等26种重要细胞类型。  采用新格元高密度芯片技术,基于高通量的检测细胞数优势,可获得更多的细胞类型信息,使细胞注释更加准确。特别适合图谱型研究和稀有细胞亚型的发现。

    图2. 小鼠胚胎细胞分群结果展示

    A:表示小鼠胚胎样本数据按细胞类型着色图;

    B:表示小鼠胚胎样本各细胞类型占比图。

     

     

    高一致性

    为测评样本间一致性,选取3例小鼠睾丸样本进行高密度芯片单细胞测序,在测序深度为13.2K reads /cell 时,检测到的平均细胞总数为21289 ,平均中值基因数为1350,累积检测平均基因数为 31116 。将3例单细胞数据联合分析,降维聚类后标注其细胞类型。细胞图谱显示,样本中报含25个clusters,包括精原细胞、精母细胞、精细胞、圆头精细胞、睾丸间质细胞、塞尔托利氏细胞、巨噬细胞和基质细胞。3例样本细胞类型组成相似,主要细胞类型均为精细胞和精母细胞。结合下图可以看出3例样本的重复性极好。

    图3. 小鼠睾丸细胞分群结果展示

     A:表示3例小鼠睾丸样本数据按细胞类型着色图;

     B:表示3例小鼠睾丸样本各细胞类型占比图。

     

     

    低双细胞率

    为测评高密度芯片双细胞率,选取人鼠混合细胞系(293T+mouse testicle)样本进行高密度芯片单细胞测序。数据显示,在测序深度为14.8K reads /cell 时,检测到的细胞总数为14929 ,单细胞中值基因数为2051,累积检测基因数为 56431 ,双细胞率仅为2.68%(图4A,B,C)。Mapped reads 在基因组外显子区域所占的比例高达 96.5%(图4D),人鼠混合细胞系高密度芯片也可获得较高数据质量。

     图4. 数据质控结果展示

     

     

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