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强强联合| 新格元携手吉因加科技,海量单细胞技术再升级

发布时间:2021-03-10 15:33:00阅读次数:222
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单细胞测序技术自 2009 年被报道以来,先后问鼎Nature Methods年度技术(2013)、Nature封面(2017)、Science十大科学突破榜首(2018),并广泛应用于生命科学研究领域。海量单细胞技术更形象地被称为解析细胞异质性的“瑞士军刀”。近年来,随着国产测序仪的推出以及测序成本的不断下降,单细胞测序技术得到了进一步的应用与推广。DNBSEQ-T7 测序仪作为国产超高性能测序仪的代表,在基因组测序、超高深度全外显子组测序、表观基因组测序等领域中均有不菲表现,并在新冠疫情期间的测序质量和通量上也递交了满意的答卷[1]

 

近日,专注高通量单细胞多组学领域的新格元和肿瘤精准医疗领域领先企业吉因加,凭借各自技术优势强强联合,推出单细胞测序普及增效的解决方案,从而实现单细胞文库在国产测序平台中的深度应用。

 

# 新格元高密度微流控芯片 (HD-chip)

在双方共同推动单细胞测序技术深度应用中,新格元推出的高密度微流控芯片(HD-chip)可以极大提高细胞捕获数量,有利于发现更多的细胞类型[2]。实验证明,在同样细胞悬液浓度下,新格元HD-chip单张芯片一次捕获细胞数可高达 30000,可检测到占比较小的多种重要细胞类型,且在此通量下双细胞率仅约6%。高密度微流控芯片的应用可以进一步细化我们对细胞异质性的认识,譬如提高细胞通量后可发现罕见细胞类型,刻画出更为精细的细胞图谱。

 

# 吉因加多平台文库测序快速转化方案

单细胞测序服务中,不同测序平台文库测序兼容性是需要解决的一大问题。对此,吉因加在文库制备时采取特殊的文库处理方法,可实现单细胞文库与T7测序平台的完美结合,并交付高质量的测序数据,从而解决不同种类文库的适用性问题。

为了促进测序文库的快速转化,吉因加打造了两种解决方案:一是提供针对其他平台线性文库的磷酸化接头或者接头序列,由客户自己进行磷酸化实验操作;二是由客户直接将线性文库送至吉因加,由吉因加完成后续磷酸化实验操作。

经过科学严谨的测试以及建库方法的优化发现,T7平台可很好地适配新格元单细胞系列产品文库进行高通量测序研究。本测试中,我们通过小鼠附睾样本的同一单细胞文库,进行DNBSEQ-T7平台与某商业Nov*平台测序后进行单细胞数据分析。结果表明,两测序平台数据在单细胞数据质量、细胞分群注释等呈现出非常高的一致性。接下来,新格元将携手吉因加基于国产平台,提供高品质、高性价比的海量单细胞测序解决方案,共同推进单细胞测序技术在基础研究和临床检测上的广泛应用。

 

# T7平台与Nov*平台测评报告如下:

1.数据质量测评

从 Cell calling 数据上看, T7 平台 和Nov*平台的预估总细胞数基本一致(图 1),检测所得基因中位数基本一致(表1),在nGene及 nUMI 的指标方面两个平台结果可比(图 1)

表1 细胞数和基因数

 

图1 nGene及nUMI小提琴图

 

2.分群与marker基因测评

将T7平台和Nov*平台所得的小鼠附睾单细胞测序结果分别进行降维和聚类(图 2A)及基因热图分析,根据特征基因注释其细胞类型(图 2B)。结果显示各亚群间的细胞比例基本一致,二者能够一致地鉴定出反映各个类群特征的基因。同时进行两个平台的相关性比较,R 值达到 0.999,相关性极高。

图2A  平台间细胞图谱比较

 

图2B  细胞类型marker基因热图

 

3.细胞亚群一致性测评

进一步对两测序平台鉴定的细胞类群一致性进行比较,通过同一文库进行测序分析,其 Cell Barcode 可以用于比较同一细胞两平台的细胞类群鉴定结果。结果表明,在小鼠附睾样本中,两平台鉴定的细胞类群结果可比,均达到了90%以上的一致性(图 3)。

图3 平台间细胞类型一致性比较

 

关于新格元

新格元生物成立于 2018 年,专注高通量单细胞多组学平台产品的自主开发及临床转化。公司成立后发展迅速,现已拥有国际领先的一站式高通量单细胞测序平台,提供从组织样本处理,高通量单细胞分离及测序文库构建,到数据分析和临床意义挖掘的全面解决方案。现有产品包括自主开发生产的 Singleron Matrix™ 自动化单细胞测序文库构建仪器,GEXSCOPE®高通量单细胞转录组试剂盒、单细胞核转录组试剂盒、免疫受体试剂盒,FocuSeq™靶向高通量单细胞测序产品, CeleScope™生信分析软件,及 SynEcoSys™单细胞数据库,并已服务近 300余家知名医院,药企,及科研院所。

如需了解新格元生物科技有限公司的详细信息,请访问 www.singleronbio.com。

 

关于吉因加

吉因加创立于2015年,是国内领先的肿瘤精准医疗高科技企业。公司立足国产NGS平台和肿瘤基因大数据,布局肿瘤防治全链条,打造临床检测、医疗器械制造、科技合作、肿瘤防治四大业务板块,致力于成为最值得信赖的肿瘤基因大数据服务平台。

立足国产高通量测序大平台,吉因加拥有以Gene+Seq-2000/200和DNBSEQ-T7基因测序仪为核心的覆盖高通量测序全流程的专业技术平台,同时提供开放性的解决方案,已和多家公司在入院平台合作,开发适用于肿瘤、病原微生物检测、PGS/PGD、单基因病检测等多种临床应用。针对科技合作,公司在北京、深圳引入多台DNBSEQ-T7超高通量测序平台,旨在打造超大规模、友好、智能化的基因数据生产交付平台,为客户提供覆盖建库、测序及标准分析全流程的国产高通量测序一站式解决方案。

 

参考

[1]https://mp.weixin.qq.com/s/uMH7ybdy55KaV0UzgeeNPg

[2]https://mp.weixin.qq.com/s/N2w8NhCh3gmsXzZzOYvaWw

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