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单细胞转录组公共数据库介绍

发布时间:2019-04-08 16:11:20阅读次数:728
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单细胞转录组测序技术最吸引人的应用之一是解码复杂的细胞异质性,并建立不同组织或器官中所有类型细胞的参考图谱。那么当研究人员通过单细胞转录组分析,得到各个聚类群以后(cluster0,1,2……n),第一个关注的问题自然是定义各cluster的细胞类型。

那么如何建立cluster与真实细胞类型之间的联系呢?一般情况下会通过寻找细胞的特征性基因(marker gene)来定义每一个细胞群体。而这些marker gene是科研工作者通过几十年来的“辛勤耕耘”,一点一点挖掘出来的。

这是不是意味着需要查阅大量的文献才能找到这些marker gene?并不是,下面小编就为大家介绍两个已知单细胞marker基因数据库。

 

CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse


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CellMarker主页

网址:http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker


CellMarker是由哈尔滨医科大学 Yun Xiao老师团队设计的, 今年1月份发表于核酸研究(Nucleic Acids Research)上。该数据库通过搜集100000多篇已发表论文,收录了人的158种组织、467种细胞类型的13605个markers以及小鼠的81种组织、319种细胞类型的9148个markers。


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CellMarker数据库为用户提供了在不同组织、不同细胞类型中查找目标细胞标记物的功能。在“browse”页面中,左侧层级树的面板中展示出了人和小鼠细胞、组织的分级结构,用户可以通过点击自己感兴趣的组织或细胞类型来浏览相关的细胞标记物。在“search”页面中,用户可以通过从下拉菜单中选择物种、从组织层级树中选择组织类型、从细胞层级树中选择细胞类型来搜索感兴趣的marker gene。

例如,对于人体血液中的调节性T细胞(Treg),用户可以在“search”页面,通过选择物种“human”、组织类型“peripheral blood”以及细胞类型“Regulatory T (Treg) cell”搜索到相关的marker gene,其结果将以散点图和一个详细的marker列表进行展示。

 

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PanglaoDB: a web server for exploration of mouse and human single-cell RNA sequencing data


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PanglaoDB主页

网址:https://panglaodb.se/index.html


PanglaoDB通过对1000余项实验的单细胞数据进行计算分析,在数据库中纳入了400万个细胞的基因数据,涉及人类和小鼠中200余种组织来源(其中184种人类组织,74种小鼠组织)。

与CellMarker数据库相似的是PanglaoDB也有marker gene搜索的界面,用户可以通过点击“Datasets”中的下拉菜单选择“Cell type markers”。在“cell type”中选择自己感兴趣的细胞类型,例如,下图中展示的“B cells”,结果将以一个详细的列表展示110种B细胞的marker,其中带有绿色底纹的行代表的是特异性marker(可以用来定义细胞类型的经典marker)。

 

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参考文献

 

1.Zhang X, Lan Y, Xu J, et al. (2019) CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Research, 47, D721–D728.

2.Oscar Franzén, Li-Ming Gan, Johan L M Björkegren. PanglaoDB: a web server for exploration of mouse and human single-cell RNA sequencing data, Database, Volume 2019, 2019, baz046, doi:10.1093/database/baz046.

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