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新格元单细胞数据库优势特点及应用

发布时间:2020-07-22 17:45:28阅读次数:743
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一项单细胞研究在完成一系列的实验和测序流程后,终于获得了单细胞数据,最后一步就是要从这些数据中挖掘出有用的信息了。这一步骤十分关键,如何快速高效的获取有用信息,解释生物学现象,在于数据挖掘的深入程度。

为此,新格元搭建了全球领先水平的单细胞数据库SynEcoSys™,为单细胞测序数据挖掘和临床意义解读保驾护航。通过关联基因层面和细胞层面的公共数据库、单细胞公共数据集、疾病和药物靶点信息,快速高效的提供从数据到临床意义的发现和解读。

目前SynEcoSys™收录了近8000种标记基因(其中4178个人源标记基因,3883个鼠源标记基因),涉及到人的203种组织/亚组织的930种细胞类型以及小鼠的112种组织/亚组织的771种细胞类型。数据主要来源于最新单细胞测序文章和两大公共数据库。

 

一. 新格元数据库优势

1)精准度更高

在SynEcoSys™中,标记基因被分成canonical marker和algorithm marker。Cell marker基因的筛选更加严格,筛选结果更加准确,因此标记基因的特异性更强。同时,机器学习自动化注释结合严格的人工审核,可进一步提高单细胞聚类分析后细胞类型注释的精准性。

cannonical marker:经典的、利用RT-PCR等传统分子生物方法或者有文献可查、证据确凿的某一类细胞表达而其它细胞不表达的基因。

algorithm marker:算法marker基因,多数为聚类后cluster的差异表达基因。

2)内容更全面

SynEcoSys™数据库收录了包括基因水平、细胞水平、疾病和肿瘤的信息,并建立了他们之间的联系。应用SingleronDB数据库可以搜索差异基因的功能、通路、GO分析、发育状态、组织特异性、细胞互作关系、表型缺失、参与疾病和涉及的药物等信息。这些信息能为客户所研究的项目提供支撑。

3)更高的时效性

一方面SynEcoSys™数据库为用户节省了大量阅读文献的时间,可以一键获取单细胞数据的关键信息;另一方面,SynEcoSys™实时更新单细胞研究领域最新发表的文章响应信息和公共数据集。

介绍到这里,大家肯定会关心:优势如此明显的SynEcoSys™数据库可以用来做什么?

 

二. 新格元数据库应用

1)细胞类型精准注释

SynEcoSys™采用严格的人工审核制度,构建精准完善的细胞类型及其marker的对应关系。结合基于机器学习的自动化注释、准确的cell marker数据库和人工审核,可确保注释结果准确可靠。

另外,利用免疫细胞数据库可对免疫细胞亚群进一步聚类,注释及功能描述。

2)信息检索和临床意义解读

通过快速检索SynEcoSys™数据库,可关联疾病、药物靶点、细胞和基因的信息,为客户研究的项目提供支撑。客户可省去文献检索等繁琐工作,一键获取单细胞数据与临床意义关联的关键信息,每条关联信息都可快速定位到具体文献支持。

3)从科学假说到科学发现

SynEcoSys™包含大量单细胞公共数据集和新格元自有数据集,通过联合对比分析,深入研究各类癌症和免疫微环境,产生新的科学假说,并寻找新的科学规律。

 

除此之外,既可以通过SynEcoSys™数据库的公共数据集来证实自己的结论;也可以通过挖掘单细胞公共数据,在其他证据基础上进行独立验证,使整个研究更加完美。

 

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